柏熠微生物分析平台-测序数据处理工作包

简介

测序数据处理工作包内共开发了15款小工具，归纳总结为三大类：

1.纳米孔数据处理小工具

2.fq/fa处理小工具

3.Bam/sam处理小工具

测序数据处理工作包提供纳米孔数据转化，多样本拆分分析，数据的相互转化、统计、提取、去重、过滤等分析。

产品特点

（一）fast5转fastq

1.提供便捷的basecalling和多样本拆分功能 ；

2.fast5数据文件可以递归搜索

3.芯片类型支持R9.4，R10.3以及R10.4+Q20

4.转化模式支持快速转化（FAST）、高准确转化（HAC）以及超高准确率转化(SUPER)

5.提供多样本试剂盒列表，同时支持自定义试剂盒，满足多样化的需求

6.支持去接头和barcode序列

（二）自定义barcode拆分

（三）接头和barcode序列去除

（四）fq/fa相互转换

（五）数据基础统计

（六）序列去重

（七）序列条件过滤

（八）序列合并与拆分

（九）序列转换

（十）序列挑选

1.提供便捷的目标序列挑选功能

2.支持fastq和fasta数据格式

3.子序列的输入允许简并碱基的输入

4.序列匹配方式多：正反向、仅正向、仅反向

5.支持容错碱基个数调整

6.优先兼并碱基，再考虑容错碱基个数

（十一）bed位置提取

（十二）linux与win格式转换

（十三）序列提取

1.提供便捷的比对序列提取功能

2.提供“提取比对上序列”和“提取未比对上序列”两种分析模式

3.数据提取结果文件，支持以fastq和fasta格式保存

4.提取标准，提供“次优比对”和“局部比对”选择

5.输入数据，支持bam和sam文件格式，以及单端和双端数据

（十四）比对位置分析

（十五）比对覆盖度